در طول تاریخ قره باغ جزء خاک آذربایجان بوده است. در سال ۱۹۱۸ با کمک قدرتهای منطقه ای در اراضی مربوط به آذربایجان، اقدام به تشکیل ارمنستان جعلی کردند. در سالهای ۱۹۰۵، ۱۹۱۸، ۱۹۲۰، ۱۹۸۸ به دفعات بر علیه ملل ترک و مسلمان قتل عامهای فجیعی را ارتکاب و سیاست پاکسازی نژادی را پیاده کرده اند. سپس با کمک قدرتهای منطقه ارمنی ها در اراضی آذربایجان اسکان داده شد.

ارامنه ای که با حمایت همه جانبه روسیه تزاری و سایر دولت ها در راستای ترویج مسیحیت در سرزمین های تاریخی آذربایجان مستقر شدند، هر از چند گاهی در سرزمین های ما با دست به تجاوز، سرقت، غارت و پاکسازی قومی زده، براساس سیاست های خارجی عمل می کردند. ارمنستان که در سال ۱۹۱۸ در سرزمین های تاریخی آذربایجان با حمایت همه جانبه قدرت های منطقه ای و بین المللی تشکیل شد، تحت حمایت کامل آنها در سال های ۱۹۰۵-۱۹۰۷، ۱۹۱۸، ۱۹۲۰، ۱۹۴۸-۱۹۵۳ و ۱۹۸۸ بارها دست به تبعید، نسل کشی و پاکسازی قومی علیه مردم مسلمان ترک زدند.

پیش از آن در زمان اشغال روستای باگانیس آیریم از توابع قزاخ آذربایجان در همسایگی با ارمنستان، روستاهای آذربایجانی نشین عمارات گاروند، توغ، سلاکتین، آخولو، خوجاوند، جمیلی، نبیلر، مشعلی، حسن آباد، کرکیجهان، گیبالی، مالیبیلی، یوخاری و عشاقی گرداقلیچولار بخشی از ساکنان بر اساس یک نقشه از پیش آماده شده با ظلم خاصی کشته شدند. خوجالی از اکتبر ۱۹۹۱ در محاصره بود. در ۳۰ اکتبر ارتباط خودروها قطع شد و تنها وسیله ایاب و ذهاب باقی مانده هلیکوپتر بود. پس از جان باختن دلخراش ۴۱ نفر بر اثر سرنگونی بالگرد غیرنظامی بر فراز شهر شوشا، این ارتباط به طور کامل قطع شد و برق شهر از دوم دی ماه قطع گردید.

از ۲۵ تا ۲۶ فئوریه ۱۹۹۲ نیروهای مسلح ارمنی با کمک هنگ ۳۶۶ روسیه، شهر خوجالی را اشغال کرده، اقدام به نسل کشی آذربایجانیها کردند. در نتیجه نسل کشی خوجالی ۶۱۳ نفر از جمعیت شهر خوجالی عبارت از ۶۳ نفر کودک، ۱۰۶ نفر زن و ۷۰ نفر مسن، بقتل رسیدند. ۸ خانواده به کلی نابود شده، ۲۵ کودک هر دو والدین و ۱۳۰ کودک نیز یکی از والدین خود را از دست داد. در این فاجعه ۴۸۷ مجروح شد که ۷۶ نفر از آنها کودک بود. همچنین ۱۲۷۵ نفر نیز به اسارت گرفته شد. ۱۵۰ نفر از اسراء تا امروز مفقود الاثر می باشند که ۶۸ نفر از آنها زن و ۲۶ نفر کودک بودند.

شهر خوجالی از اکتبر سال ۱۹۹۱ در محاصره ارمنی ها بود. در ۳۰ اکتبر رفت و آمد خودرو به این مناطق کاملا قطع شده و تنها از هلی کوپتر به عنوان وسیله نقلیه استفاده می شد. در نتیجه انهدام هلی کوپتر در آسمان شهر شوشا و بعد از کشته شدن فجیع ۴۱ نفر سرنشین هلی کوپتر مذکور، این ارتباط نیز کاملا متوقف شد و از ۲ ژانویه هم برق شهر به صورت کلی قطع گردید.

در فئوریه ۱۹۹۲ طی اشغال روستاهای معالی بیلی، قاراداغلی و آغدابان آذربایجان از طرف ارامنه، ۱۴۰ نفر زخمی، ۹۹ نفر کشته و بقیه اهالی مجبور به ترک اراضی و خانه های خود شده اند. ارامنه از سه جبهه به سوی خوجالی هجوم آوردند که مردم مجبور شدند از مسیر قاتار چایی به سمت جنگل ها فرار کنند. اهالی در کوهها و جنگلهای سرد و برفی تاقت خود را از دست داده و تحمل پیشروی نداشتند که در همین موقع نیز نیروهای ارمنی اکثر آنان را با فجیع ترین روشها بقتل رساند.

گفته می شود که در حمله به خوجالی برای نسل کشی اردوی آزادی ملی آرتساخ و گردانهای تابع به فرمانده کل و رئیس ستاد مشترک تعیین شده در اجلاس ویژه شورای ععالی جمهوری جعلی و خود خوانده قره باغ کوهستانی شرکت می کردند.

در زمان نسل کشی خوجالی، با تلاش آقای الله وئردی باقراف اجساد و اسرای آذربایجانی از مناطق جنگی پس گرفته شد. وی از طریق سرهنگ ویتعالی بالاسیان در عرض سه روز ۱۰۰۳ اسیر از خوجالی را از دست ارامنه خلاص کرده و اتوبوس به آذربایجان آوردند. وی در مسجد آغدام در کفن و دفن اجساد شرکت کرده و اسراء را در قبرستان قاراغاجی تحویل گرفت. در نتیجه جلسه و صحبتهای الله وئردی باقراف با ویتعالی بالاسانیان، عملیات فیلمبرداری سیدآقا موسوملو و چنگیز مصطفی اف از مناطق جنگی و حوادث نسل کشی صورت پذیرفت.

ارتشیان باقراف همان روز موفق به پیدا کردن پیکر ۸۵ شهید شدند. پیکر قهرمانان ملی "عالیف حاجی اف" و "عاقل قلی اف" نیز میان همین اجساد شهدا بودند.

در نزدیکی آغدام موقعی که همین اجساد از کامیونها به بیرون انتقال می یافتند توسط خبرنگار رویترز آقای فردریکا لانگین به فیلم و تصویر کشیده شدند. وی در مصاحبه خود به روزنامه "د نیویورک تایمز" مشاهدات خود را چنین بیان می کند: در اولین کامیون تعداد ۳۵ جسد بود، تقریبا در دومی نیز همین تعداد مشاهده می شد. سر بعضی از اجساد از تنشان جدا، اکثرا نیز سوزانده شده بودند. همه آنها مرد بودند و بعضی از آنان لباس ارتشی بر تن داشتند.

در کل، نیروهای باقراف نزدیک به ۱۸۰ جسد از کتوک، ناخچیوانیک، عسگران و خوجالی جمع آوری و به مسجد آغدام انتقال دادند. بیشتر اجساد قابل شناسایی نبودند. در ۲ مارس چنگیز مصطفی اف همراه با یک گروه از خبرنگاران خارجی به محل حادثه اعزام می شود و با اجسادی روبرو می شوند که به بصورت فجیع به قتل رسانده شده بودند. بر اساس اظهارات مصطفی اف به روزنامه "ایزوستیا"، آنها را در عرض چند روز به همین شکل در آورده اند. به نظر توماس دئ وعالین نویسنده کتاب "قاراباغ"، در نتیجه همین فاجعه ۴۸۵ نفر (اعم از آنهایی که بر اثر یخ زدگی جان خود را از دست داده اند) کشته شده اند.

در کل، بعد از همین فاجعه خونین، ۱۴۵۷۷ نفر از اهالی خوجالی مجبورا به ۵۲ شهر مختلف آذربایجان پناه آورده و به صورت موقتی اسکان یافتند.

ارامنه نیز به نسل کشی و وحشی گریهای خود در خوجالی اقرار کرده اند. زوری بالایان کتاب خود را به برادرش مونتی مئلکونیانای تروریست تقدیم کرده و بر اساس ادعاهای مولف، مارکار مئلکونیان چنین نوشته است: "اقدامات ما در این شهر دارای مقاصد استراتژی بود اما به قصد قصاص نیز انجام پذیرفت". این نویسنده به نقش گروههای مسلح ارمنی به نامهای "آرابو" و "آرامو" در حادثه خوجالی تاکید کرده و نحوه قتل عام ساکنین غیرنظامی خوجالی را به صورت مفصل توضیح داده است. بطوریکه بر اساس ادعای وی، بعضی از ساکنین شهر از ترس تعقیب و گریز سربازان ارامنه تقریبا شش مایل راه را طی کرده و خطر را پشت سر می گذارند. سپس می گوید: "سربازان به مدت زیادی با چاقوهایشان آنان را تعقیب کرده و زخمی می کنند."

یکی دیگر از نویسنده های ارمنی بنام داوود خردیان در کتاب "برای صلیب" با افتخار به مصائبی که بر سر اهالی آذربایجانی آورده شده اشاره می کند. در صفحات ۱۹-۷۶ همان کتاب به قتل عام خوجالی اشاره کرده می نویسد: ما در سرمای صبح برای گذر از باتلاق نزدیکی داشبولاق، از اجساد پل ساختیم. من نخواستم به روی مرده ها پا بگذارم. سرهنگ اوهانیان به محض مشاهده این صحنه به من اشاره کرد و گفت که، نترسین. من پایم را روی سینه دختربچه ۹-۱۱ ساله ای گذاشته و شروع به قدم زدن کردم. کفشها و پاهایم خونی شده بود. این چنین از روی ۱۲۰۰ جسد رد شدم. در ۲ مارس گروه ببر ارامنه (گروهی که با سوزاندن اجساد مشغول بودند) نزدیک به ۲۰۰۰ نفر از اجساد مغولان پست (ترکها) را جمع آوری و به صورت جداگانه در یک کیلومتری خوجالی به آتش کشیدند. در آخرین کامیونی که اجساد را حمل می کرد دختر ۱۰ ساله ای را دیدم که از سر و گوشهایش زخمی شده بود. وقتی با دقت نگاه کردم هنوز هم نفس می کشید. با وجود سرما، گرسنگی و زخمهایش هنوز هم نمرده بود. هیچ وقت چشمهای این دختر بچه ای را که با مرگ در حال مبارزه بود از یاد نخواهم برد. سپس یکی از سربازان به نام تیقرانیان از گوش های وی گرفته و به روی اجسادی که رویشان گازوییل ریخته شده بود پرت کرد. بعدا همه آنها را سوزاندند. از داخل آتش صدای گریه و شیون به گوش می رسید.

زوری بالایان شاعر و نویسنده ارمنی در کتاب "احیای روح ما" در مورد قتل عام ۲۶ فئوریه خوجالی در سال ۱۹۹۲ چنین می نویسد: همراه خاچاتور موقع ورود به خانه ای که در خوجالی تصاحب کرده بودیم بچه ۱۳ ساله ترک زبانی را دیدیم که توسط سربازانمان از گوشهایش به پنجره میخ شده بود. برای اینکه بچه صدا نکند سینه بریده شده مادر بچه را به دهان او فرو می برند. بعدا از گوشت سر، سینه و شکم همین بچه ۱۳ ساله ترک بریدیم. به ساعت نگاه کردم، کودک بعد از ۷ دقیقه به علت خونریزی شدید جان داد. از شدت خوشحعالی به خودم می بعالیدم. خاچاتور جسد کودک را تکه –تکه کرده و جلوی سگهایی که از ریشه همین ترکها بودند انداخت. عصر همین کار را با سه کودک ترک دیگر انجام دادیم. من به عنوان یک ارمنی به وظیفه خویش عمل کردم. می دانستم که هر ارمنی با این رفتارهای ما احساس غرور خواهد کرد.

سرژ سارکیسیان رییس جمهور ارمنستان در جواب به سوال خبرنگاری در مورد حوادث خوجالی مبنی بر اینکه آیا از این همه کشتار پشیمان هستید یا نه؟، چنین می گوید: قبل از همین حادثه آذربایجانی ها فکر می کردند که ما با آنها شوخی داریم. آنها فکر می کردند که ارامنه به ساکنین عادی هیچ ضرری نمی توانند بزنند. ما این کار را کردیم و نتیجه این شد... من احساس ناراحتی و پشیمانی نمی کنم... چنین اعمعالی حتی به قیمت مرگ هزاران نفر ضروری هستند.

لازم به یادآوری است که، واقعیت قتل عام اهالی خوجالی توسط ارمنستان را میکاییل دانیلیانی مدافع حقوق اقلیت ارمنی ها و واهی آوتیانی روزنامه نگار نیز تایید کرده اند.

خبر حادثه خونین خوجالی را برای اولین بار روزنامه ملیت ترکیه با چاپ عکسهایی از جنایات ارمنی ها به چاپ رساند. همچنین روزنامه های "واشنگتن پست"، "د نیویورک تایمز"، "بوستون گلوبئ"، "وال استریت ژورنال"، "ساندی تایمز"، "شیکاگو تریبون" و خبرگزاری های "آسویشتد پرس" و "تایم" آمریکا، خبرگزاری رویترز، روزنامه های "د تایمز"، "ساندی تایمز"، "د گوآردیان" و شبکه "بی بی سی" انگلستان، روزنامه "لی موند" فرانسه در ۱۴ مارس ۱۹۹۲ ، روزنامه های "کومسومولسکایا پراودا"، "ترود"، "پراودا" روسیه و مجله "پاسپورت" مسکو، روزنامه "د ایریش تایمز" ایرلند، روزنامه "د ایج" استرعالیا و رسانه های عمومی کشورهای خارجی در رابطه با قتل عام جمعیت خوجالی مقاله هایی درج نمودند.

در سال ۱۹۹۳ از طرف حیدر علی اف رییس جمهور آذربایجان ۲۶ فئوریه روز قتل عام مردم خوجالی عنوان گردید. وی در ۲۵ فئوریه ۱۹۹۷ با امضای فرمان شماره ۴۹۸، هر سال ۲۶ فئوریه رأس ساعت ۱۷:۰۰ در تمام مناطق آذربایجان به یادبود شهدا و قربانیان خوجالی یک دقیقه سکوت اعلام شده است. حیدر علی اف در سخنرانی ۲۵ فئوریه ۲۰۰۲ به مناسبت دهمین سالگرد قتل عام جمعیت خوجالی به مردم آذربایجان چنین گفت: در مقابل روح شهدای خوجالی، این وظیفه انسانی و شهروندی ما است. از طرف دیگر، کسب ارزش حقوقی و سیاسی بین المللی این فاجعه انسانی، باعث محاکمه عاملان و مجرمان این حادثه می شود که یکی از شرطهای مهم برای عدم تکرار چنین فاجعه هایی در آینده است.

در سال ۲۰۱۴ الهام علی اف رییس جمهور آذربایجان در مورد قتل عام خوجالی چنین می گوید: فاجعه خوجالی صفحه خونینی از تاریخ آذربایجان است که در نتیجه طرح های ملی گرایان ارمنی در زمینه پاکسازی قومی و نسل کشی ملت آذربایجان در حدود ۲۰۰ سال اخیر رخ داد.

در حال حاضر به رسمیت شناختن نسل کشی مردم خوجالی توسط ارمنی ها، اصلی ترین سیاست خارجی جمهوری آذربایجان می باشد. علاوه بر آذربایجان، کشورهای پاکستان و سودان نیز قتل عام مردم خوجالی را به رسمیت شناخته اند. در ۲۰ نوامبر ۲۰۱۲ در سی و نهمین جلسه شورای وزیران خارجه سازمان همکاری اسلامی که در جیبوتی تشکیل شده بود، قطعنامه ای به تصویب اعضاء رسید که طی آن جنایات ارامنه در خوجالی به عنوان نسل کشی شناخته شده است. در تاریخ ۲۰۱۲ نیز مجلس سنای پاکستان قطعنامه ای را مبنی بر محکوم کردن نسل کشی علیه ساکنین خوجالی تصویب کرد.

در رابطه با این فاجعه در سطح پارلمانی کشورهای مکزیک در ۲ فئوریه ۲۰۱۲، کلمبیا ۲۴ آوریل ۲۰۱۲، چک ۱۹ فئوریه ۲۰۱۳، بوسنی و هرزگویین ۲۶ فئوریه ۲۰۱۳، پاناما ۷ اوت ۲۰۱۳، پرو ۱۴ ژوئن ۲۰۱۳، هندوراس ۱۷ ژانویه ۲۰۱۴، اردن ۲۰۱۶، جیبوتی ۲۰۱۷، اسکاتلند ۲۲ فئوریه ۲۰۱۷ و ۲۲ ایالت آمریکا نیز سند تصویب کرده اند.

در بیست و هفتمین سالگرد نسل کشی خوجالی راهپیمایی عمومی مردم به سوی بنای یادبود "آنا هارایی" در منطقه خطایی با ابتکار لیلا علی اوا نائب رئيس بنیاد حیدر علی اف همراه با کمپین بین المللی که از ۸ می ۲۰۰۸ با عنوان "عدالت برای خوجالی" برگزار می شود، از طرف ارگانهای دولتی، تشکلهای جوانان و موسسات تحصیلات ععالی در قالب سخنرانی هایی در مورد نسل کشی خوجالی اجرا می گردد. کمپین برای فععالیت های خود در سطح جهانی از ابزارها و واسطه های مختلف ارتباطی از جمله رسانه ها، اینترنت و سخنرانیهای زنده استفاده می کند.

در تاریخ ۲۶ فئوریه ۲۰۱۲ مردم ترکیه در مقابل دبیرستان قالاتاسارای استانبول اجتماع کردند و با دادن شعارهای "همه ما اهل خوجالی هستیم" و بطرف میدان تاکسیم حرکت کرده و حمایت خود را از همنژادان خود اعلام کردند. در سال ۲۰۱۲ اتحاد آمریکایی آذربایجان نیز کمپینی در رابطه با نسل کشی خوجالی برگزار کرده، اقدام به نصب پوسترهایی در دربهای ورودی و خروجی بزرگترین استگاه قطار نیویورک "پن استاسیون" کرده، در استگاههای اتوبوس و روی اتوبوسها بنر نصب کردند. همچنین در شهر واشنگتون نیز بیشتر از ۴۰۰ قطار مترو از جمله ۹۵ استگاه مترو، و روی اتوبوسهایی که به سمت "کاپیتول حیل" می رفتند پوستر نصب کردند.

سازمانهای خارج از کشور جمهوری آذربایجان در تاریخ ۲۳ فئوریه ۲۰۱۹ در بیشتر از ۲۰ کشور دنیا که فععالیت داشتند در میدان لوکزمبورگ بروکسل با سر دادن شعار "عدالت برای خوجالی"، "آزادی برای دلغم و شهباز" تجمعی برای قره باغ در اروپا برگزار کردند. در ۲۶ فئوریه ۲۰۱۹ قریب به ۵۵ هزار انسان به مناسبت بیست و هفتمین سالگرد نسل کشی خوجالی در منطقه خطایی باکو جلوی "یادبود آنا هارایی" (یادبود فریاد مادر) تجمع کردند.

سازمان پناهندگان خوجالی در تاریخ ۱۵ فئوریه ۲۰۰۳ به سازمان ملل، شورای اروپا و سازمان امنیت و همکاری در اروپا درخواستی ارائه داد. هدف اصلی این درخواست آگاه ساختن جوامع جهانی از طرف مهمترین سازمانهای جهانی از جمله سازمان ملل متحد، شورای اروپا و سازمان امنیت و همکاری در اروپا در رابطه با جنایات ارامنه نسبت به مردم بی گناه خوجالی در سال ۱۹۹۲ و همچنین ارزیابی حقوقی و سیاسی فاجعه خونین خوجالی بود. دادگاه حقوق بشر اروپا در رای ۲۲ آوریل ۲۰۱۰ کشتار مردم آذربایجانی خوجالی توسط ارامنه را " بعنوان اعمال سنگین و جدی که می تواند به عنوان جنایات جنگی یا جنایت علیه بشریت باشد" ارزیابی کرد.

امروز هر آذربایجانی در کشور ما و یا خارج از کشور و پژوهشگرانی که در زمینه های مختلف به تحقیق می پردازند باید در مطبوعات و مراکز علمی و آموزشی خارجی درباره نسل کشی خوجالی سخنرانی کرده و مقالاتی را به زبان های مختلف منتشر کنند. ما باید ضمن همکاری با دانشگاه ها، مراکز علمی تحقیقاتی و پژوهشی مطرح دنیا، کتاب ها و مقالات مشترکی در مورد نسل کشی خوجالی و حقایق آذربایجان بنویسیم و با رساندن صدای خود به جهان، فعالیت های خود را گسترش دهیم.

ضمناً در نتیجه پیروزی ۴۴ روزه ارتش پیروز و دلاور آذربایجان در قره باغ، چندین روستا از منطقه خوجالی از اشغال دشمن آزاد شد.