توافقنامه استراتژیک بین آمریکا و ارمنستان به‌طور مستقیم به‌سوی آذربایجان هدف‌گیری نشده، بلکه به‌دلیل برنامه‌های آمریکا برای رقابت‌های ژئوپولیتیکی با تهران و مسکو است. با این حال، مسأله‌ای که برای آذربایجان مشکل‌ساز است، این است که دولت بایدن سیاست‌های منطقه‌ای خود را بر اساس منافع ارمنستان اعمال کرده و ایروان از حمایت واشنگتن در مذاکرات با باکو بهره‌برداری کند.

این نکات به وضوح در متن توافقنامه استراتژیک قابل مشاهده است. در بخش "اصول همکاری" توافقنامه که شامل ۵ بخش است، به این موضوع اشاره شده:

۱. "ایالات متحده از روند صلح میان ارمنستان و آذربایجان، از جمله فرآیند تعیین مرزها بر اساس اعلامیه آلماتی ۱۹۹۱ حمایت می‌کند."

۲. "ایالات متحده از باز شدن ارتباطات حمل‌ونقل منطقه‌ای در قفقاز جنوبی بر اساس حاکمیت و صلاحیت کشورهای منطقه حمایت می‌کند."

این دو موضوع از نقاط اصلی تضاد و چالش در مذاکرات باکو-ایروان هستند.

در این زمینه، نگرانی اصلی دیگر این است که در متن توافقنامه آمده که "آمریکا قصد دارد به ارمنستان در کمک به پناهندگان و آوارگان جنگ قره‌باغ ادامه دهد"، که این موضوع ادامه‌دار بودن پرونده "پناهندگان ارمنی" را به‌طور جدی مطرح کرده و به‌طور مستقیم با ادعاهای ضد آذربایجان و مسئله قره‌باغ مرتبط است.

این توافقنامه استراتژیک، هرچند که بخشی از رقابت‌های جهانی آمریکا با ایران و روسیه است، اما با منافع آذربایجان هم‌خوانی ندارد.